از حضرت آیت‌الله آقا موسی شبیری زنجانی نقل شده است که:

در سفری که امام خمینی(ره) و پدرم برای زیارت به مشهد مقدس رفته بودند امام درصحن حرم امام رضا (ع) با سالک الی الله حاج حسنعلی نخودکی مواجه می شوند. امام امت (ره) که در آن زمان شاید درحدود سی الی چهل سال بیشتر نداشت وقت را غنیمت می شمارد و به ایشان می گوید با شما سخنی دارم.حاج حسنعلی نخودکی می گوید : من درحال انجام اعمال هستم، شما در بقعه حر عاملی (ره) بمانید من خودم پیش شما می آیم. بعد از مدتی حاج حسنعلی می آید و می گوید چه کار دارید؟ امام (ره) خطاب به ایشان رو به گنبد و بارگاه امام رضا (ع) کرد و گفت : تو را به این امام رضا، اگر (علم) کیمیا داری به ما هم بده؟ حاج حسنعلی نخودکی انکار به داشتن علم (کیمیا) نکرد بلکه به امام )ره) فرمودند : اگر ما «کیمیا» به شما بدهیم و شما تمام کوه و در و دشت را طلا کردید آیا قول می دهید که به جا استفاده کنید و آن را حفظ کنید و درهر جائی به کار نبرید؟

امام خمینی (ره) که از همان ایام جوانی صداقت از وجودشان می بارید، سر به زیر انداختند و با تفکری به ایشان گفتند : نه نمی توانم  چنین قولی به شما بدهم.

حاج حسنعلی نخودکی که این را از امام (ره) شنید روبه ایشان کرد و فرمود:

حالا که نمی توانید «کیمیا» را حفظ کنید من بهتر از کیمیا را به شما یاد می دهم و آن این که :

بعد از نمازهای واجب یک بار آیه الکرسی را تا «هوالعلی العظیم» می خوانی و بعد تسبیحات فاطمه زهرا (س) را می گویی و بعد سه بار سوره توحید «قل هوالله احد» را می خوانی و بعد سه بار صلوات می گویی : اللهم صل علی محمد و آل محمد و بعد سه بار آیه مبارکه : و من یتق الله یجعل له مخرجا و یرزقه من حیث لا یحتسب و من یتوکل علی الله فهو حسبه ان الله، بالغ امره قد جعل الله لکل شیء قدراً؛ (طلاق 2 و 3)

(هرکس تقوای الهی پیشه کند، خداوند راه نجاتی برای او فراهم می کند و او را از جائی که گمان ندارد روزی می دهد و هرکس برخداوند توکل کند کفایت امرش را می کند، خداوند فرمان خود را به انجام می رساند و خدا برای هرچیزی اندازه ای قرار داده است) را می خوانی که این از کیمیا برایت بهتر است.